 |
|
|
 |
 |
 |
 |
 |
| 校費・科研費承ります。 |
 |
|||||||||||||||||||||||
|
|
Slicer Dicerについてのよくある質問集 Slicer Dicerについてよくある質問集です。この他に質問があれば、御連絡ください。
Q 1. Slicer Dicerで使うために、既存のデータをHDFまたはNetCDFに変換する必要はありますか？ Q 2. 既存のデータをHDFまたはNetCDFに変換してもよろしいですか？利用可能なツールはどれですか？ Q 3. 表形式のASCIIデータを読み込むことはできますか？ Q 4. 複数のスライス画像をまとめてボリュームデータとして読み込むことはできますか？ Q 6. ダウンロードしたデモファイルがインストールできません。どこが悪いのですか？ Q 7. ダウンロードしたデモファイルのインストール時に、どうしてDLLファイルが見当たらないというエラーメッセージが表示されるのですか？ Q 8. どのようにしてASCIIまたはバイナリデータを読み込むのですか？ Q 9. 複数ファイル、または、一つのファイルのボリュームデータのインポートについて Q 1 Slicer Dicerで使うために、既存のデータをHDFまたはNetCDFに変換する必要はありますか？ A: いいえ。書式のありなしに関わらず配列データを含むほとんどすべてのデータを読み込むことができます。多くのユーザは、もしかしたら補助的なデータを含むヘッダーのある、適当なファイルを持っています。これらは一般的な形式と呼んでいます。これらのファイルを開いた時、Slicer Dicerがデータの種類（テキスト、8ビット整数、16ビット整数、32ビット整数、浮動小数、倍精度実数）、次元の数、各次元のサイズ、ファイルまたは次元に関連したヘッダーまたはフッターのサイズを尋ねます。 ヘッダーとフッターはバイナリファイルではバイトの数で測定し、テキストファイルでは行数で測定します。 Q 2. 既存のデータをHDFまたはNetCDFに変換してもよろしいですか？利用可能なツールはどれですか？ A: Slicer Dicerを使用するために、HDFまたはNetCDFのデータである必要はないのですが、これらの形式は利便性という長所があります。これらの形式は多くの科学系のアプリケーションで使用できるように汎用的な形式で設計されています。一番の強みはクロスプラットフォームの移植性（例えば、スーパーコンピュータで作成されたデータをPCで読み込むことができます。）と自己展開型です。後者はメタデータと言われるデータの情報のデータ自身が持っているのです。Slicer Dicerはメタデータを読み込み、自動的にデータの座標を構成し、 変換して取り込みます。ユーザはファイルの構成の詳細ではなく、データの解釈に集中できます。 これらの形式を扱うためにC言語と Fortranのライブラリとユーティリティが、すべてのプラットフォームで利用可能です。NCSA HDFとUnidataのサイトでウェブ上でサポートしています。 Q 3. 表形式のASCIIデータを読み込むことはできますか？ Q 4. 複数のスライス画像をまとめてボリュームデータとして読み込むことはできますか？ A: はい、できます。簡単に複数ファイルのデータセットを読み込むことができます。画像ファイルだけでなく、すべてのファイルの種類で可能です。例えば、3次元のNetCDFファイルのグループから4次元のデータセットとして読み込むことができます。 複数のファイルを1つのフォルダにまとめるだけです。ただし、順番を識別する数値を除いて同じファイル名にしなければいけません。Slicer DicerのOpenダイアログで「Open multiple-file data set」チェックボックスがありますので、チェックをつけて下さい。ファイル名の規則に従って自動的に複数ファイルを開きます。 Q 5. どのようなデータが使用可能ですか？ A: Slicer Dicerは標準的な直線状のグリッドから成るデータで設計されています。そのようなデータはn次元のデカルト配列形式になっています。下の図は標準的な直線状のグリッドです。
Nx、Ny、Nzは各軸にある任意なグリッドのサイズを表しており、 dx、dy、dzは各グリッドの構成要素です。グリッドの構成要素はどのような形状でも構いませんが（つまり、dx、dy、dz が等しくなくて構いません）、グリッドが同じサイズ（つまり、すべての要素でdxが同じであること、すべての要素のdyが同じであることなど）で、すべての要素が規則正しく配置されていることが必要です。 通常、これらのデータセットは3次元に設定されますが、Slicer Dicerは有効な画像を表示する2次元のデータセット、または4次元以上のデータセットを使うこともできます。後者の場合、ユーザが選択した値が他の次元のパラメータになり、データを空間的にビジュアライゼイションするために3次元のサブセットを選択します。また、パラメータとした次元は空間の次元で定義されるボリュームデータの画像をアニメーションする時に使われます。 標準的にグリッドされたデータは科学または技術分野で共通しています。例えば、環境影響調査では、特定のボリュームデータ内の汚染物質の分布を予測する数値モデルが使われます。このデータは汚染の濃度を表す3次元の配列となります。HDFとNetCDFはこの種類のデータを保存するのに使われる共通のファイル形式です。Slicer Dicerはこれらの形式を認識し、グリッド状の次元に記録されたデータをメタデータとして使います。Slicer Dicerは標準的ではない形式を読み込むこともできますが、グリッド状の次元をユーザに尋ねます。（Slicer Dicerが認識するファイル形式については入力フォーマットを参照して下さい。） 低温学では、標本を凍らせて、平行な断面で均一の厚さでスライスします。各スライスをデジタルの画像としてTIFF画像（または、BMP、DICOM、その他の画像形式）で記録します。これは複数ファイルのデータセットの例です。各画像は2次元ですが、一緒に取り込み、連続した画像を3次元配列とします。Slicer Dicerには、この種類のデータを読み込む便利な機能があります。 すべてのボリュームデータがこの仕組みに適用できるわけではありません。X-Y-Z-Valueの形式で得られるような統一されていないグリッド状のデータでは、Slicer Dicerで直接データの視覚化ができません。標準的な地質、海洋、大気のデータには、この形式が多くあります。これらのデータを使うために、標準的なグリッドにデータを再配置する必要があります。（もちろん、X-Y-Z-Value形式のデータセットすべてが、統一されていないグリッドだと意味するわけではありません。標準的な必要条件を満たす潜在的なグリッドの場合、Slicer Dicerに直接データを読み込ませて、データの視覚化ができます。）
Q 6. ダウンロードしたデモファイルがインストールできません。どこが悪いのですか？ ダウンロードしたファイルサイズを確認して下さい。ダウンロードしたファイルは10,240,320バイトあります。サイズが違う場合、ダウンロードしなおして下さい。それでもダウンロードに失敗する場合e-mailで連絡して下さい。
Q 7. ダウンロードしたデモファイルのインストール時に、どうしてDLLファイルが見当たらないというエラーメッセージが表示されるのですか？ インストール時またはデモの起動時にDLLファイルが見当たらないというエラーメッセージが表示される場合、デモファイルの取得に失敗しています。ダウンロードしたslcdcr_35_demo.exeのファイルサイズを確認して下さい。10,240,320バイトになっていますか？サイズが違う場合、 ダウンロードしなおして下さい。それでもダウンロードに失敗する場合e-mailで連絡して下さい。 ダウンロードしたファイルサイズが正しくてもインストールまたは、デモの起動ができない場合、必要なDLLファイルが存在しないかもしれません。存在しないファイル名を含めて詳細な情報をe-mailで連絡して下さい。 Q 8. どのようにしてASCIIまたはバイナリデータを読み込むのですか？ 一般的なASCIIデータまたはバイナリデータの読み込みは、最初混乱するかもしれません。Slicer Dicerはデータだけをインポートするのであって、座標値をインポートするのではないことを認識していることが重要です。均等にグリッドされたデータが必要です。例えば、xyzの3次元のボリュームデータがある場合、ボリュームデータ全体を当してデルタｘが同じ間隔でなければなりません。 同じようにデルタｙとデルタｚの間隔も同じでなければなりません（しかし、お互いには異なっています）。各（ｘ、ｙ、ｚ）位置にデータ値がなければなりません。 次元の数と次元のサイズをSlicer Dicerに入力する必要があります。この情報は一般的なファイルを読み込む過程で入力します。ASCIIファイルのデータの場合、左から右、上から下に一行ずつ順番に読み込み、最初の次元（この場合ではｘ）が変化するのが一番遅く、最後の次元（この場合ではｚ）が変化するのが一番早いと仮定して、データの位置（x、y、z）を割り当てます。バイナリファイルのデータの場合、ユーザが選択したデータの種類のデータ値ごとにバイト数を読み込みます。 例えば、サイズがx=2×y=3×z=4のデータセットがあるとします。これは全体の2*3*4 = 24のデータ値が読み込まれます。データの位置を（x、y、z）に正確に配置したい場合、最初の4つの値を（x=1、y=1、z=1、2、3、4）の位置に配置するように指定します。次の4つの値を(x=1、y=2、z=1、2、3、4）の位置に配置するように指定します。その次の値を（x=1、y=3、z=1、2、3、4）の位置に配置するように指定します。3次元のグリッドの残りを満たすように同じようにデータが配置されます。ASCIIデータファイルの行と列の数は、それ自身では次元に制約されません。ですから、全部で24の値があるので、6行に4つの値、2行に12の値などになるかもしれません。 統一されていないグリッドに、一般的なデータを取り込む場合、Slicer Dicerに取り込む前に標準的なグリッドに補間する必要があります。将来的には、統一されていないグリッドのデータを取り込められる機能を加える所存です。 Q 9. 複数ファイル、または、一つのファイルのボリュームデータのインポートについて ボリュームデータは、同じ大きさの2次元配列（スライス）が何枚も重なっていると考えて下さい。複数ファイルを一つのボリュームデータのデータセットとして一度にインポートできますし、一つのファイルのボリュームデータもインポートできます。詳細な情報は以下のそれぞれのページをご覧下さい。サンプルのデータと、そのデータのインポートし表示するまでの解説があります。
|
