火山プロットを簡単に作成

Volcano Plot

Volcano Plot(ボルケーノプロット)は、RNAシーケンス(RNA-Seq)とマイクロアレイといった遺伝子発現比較解析などでよく使用され、fold change(変化率)とp値を同時に可視化する散布図です。火山のような形状になることから名付けられています。このアプリを使用すると、ボルケーノプロットを簡単に作成できます。

アプリの使用例

このアプリの良いところ

  • fold change と p値からボルケーノプロットを自動作成
  • 有意差のしきい値を設定して重要データを可視化
  • 領域ごとの色分けやスタイルを自由にカスタマイズ
           
アプリアイコンVolcano Plot
作者 OriginLab Technical Support
ライセンス 無料
必要バージョン Origin 2018(9.5)以降
ユーザインタフェースの言語 英語
カテゴリ グラフ
開発元ページ
※英語のみ

 

使用方法

使用するサンプルファイルは、以下よりダウンロードできますので、お手持ちのOrigin/Pro上で実際の操作をお試しいただけます。ダウンロード後解凍して使用してください。

サンプルファイル(volcanoplot-sample.zip)

zip

zip(1.14MB)

  1. Boook1 Sheet1のB、C列を選択し、アプリウィンドウのVolcano Plotアイコンをクリックしてダイアログを開きます。
  2. アプリ起動

  3. 「Label」はオプションで遺伝子やプローブの識別子を指定できます。ここでは列Aを選択します。
  4. 曲面図の指定

  5. サンプルデータのXデータは線形の場合「Log2 Transform for X」にチェックをつけて log 2スケールに変換します。このサンプルではデフォルトのままチェックを付けません。
  6. 「Cutoff Values」でデータを領域ごとに分類するP値(0~1)とFold Change(1以上)を入力します。ここではデフォルトの値のままにします。
  7. 「Log2 Transform for X」にチェック

  8. 「Show Reference Lines」にチェックを入れると、設定したカットオフ値を示す線がグラフ上に表示されます。これにより、どのデータが「有意」かつ「大きく変化しているか」を視覚的にすぐ判断できるようになります。
  9. 「OK」をクリックするとグラフが出力されます。
  10. Volcano Plotを作図完了

各領域の色やシンボルサイズを個別に変更したり、参照線のスタイル(色・線種など)も編集可能です。

テクニカルサポート

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その際、必ず「製品名」「バージョン」「シリアル番号」をご連絡ください。

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